โรงเรียนบ่อแก้ววิทยา ได้รับการประกาศจัดตั้งให้เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา สังกัดกองการมัธยม กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษา เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 (ปีการศึกษา 2537 ) โดยแยกออกมาจากการเป็นสาขาของโรงเรียนไทรงามพิทยาคม การเป็นสาขาของโรงเรียนไทรงามพิทยาคม เริ่มมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2531 นำโดยท่านผู้อำนวยการโรงเรียนไทรงามพิทยาคม ขณะนั้น คือ นายสมปอง สมนักพงษ์ ได้ร่วมปรึกษากับท่านนายอำเภอไทรงาม , นายพรเทพ จันทร์ต้น หัวหน้าการการประถมศึกษาอำเภอไทรงาม และคณะกรรมการการศึกษาของหมู่บ้านบ่อแก้ว นำโดย กำนันปัญญา รวมธรรม ซึ่งเห็นว่านักเรียนที่จบการศึกษาระดับประถมศึกษานั้น มีเปอร์เซ็นต์การศึกษาต่อในระดับมัธยมศึกษาน้อยมาก อันเนื่องมาจากต้องเดินทางไปศึกษาต่อในระยะทางที่ไกล และต้องเสียค่าใช้จ่ายจำนวนมาก ที่ประชุมจึงมีมติให้จัดตั้งโรงเรียนสาขาขึ้น โดยอาศัยพื้นที่บางส่วนของโรงเรียนประถมศึกษาบ้านบ่อแก้ว ในขณะนั้น โดยมีครูจำนวนหนึ่งจากโรงเรียนไทรงามพิทยาคม มาทำหน้าที่สอนนำโดยนายชัยรัตน์ ปราณี เป็นหัวหน้าสาขา ซึ่งมีนักเรียนรุ่นแรก 33 คน จากนั้นในปี
พ.ศ. 2532 ได้ส่งนางวารีย์ คงไทย อาจารย์ 1 ระดับ 5 โรงเรียนไทรงามพิทยาคม มาเป็นหัวหน้าสาขา ซึ่งมีนักเรียนเพิ่มขึ้นมาตามลำดับ
พ.ศ. 2534 นางวารีย์ คงไทย ได้ร่วมกับคณะกรรมการศึกษา นำโดยนายปัญญา รวมธรรม
นายทองใบ เรื่อศรีจันทร์ และชาวบ้าน จัดหาพื้นที่สำหรับจัดตั้งเป็นโรงเรียน ได้รับการบริจาคที่ดินจากนายสนั่น สบายเมือง อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดกำแพงเพชร จำนวน 15 ไร่ นายแดง นางลำใย ชัยพงษ์รัตนา บริจาค 1 ไร่ 1 งาน และจัดทำผ้าป่าสามัคคีซื้อที่ดินเพิ่มอีก จำนวน 10 ไร่ ซึ่งได้รับการสนับสนุนโดยท่านพระครูสังฆรักษ์ชนะ ชุตินฺธโร คณะ 2 วัดอนงคาราม กรุงเทพฯ รวมทั้งหมดมีเนื้อที่ 26 ไร่ 1 งาน
พ.ศ. 2535 จึงได้ย้ายสาขาโรงเรียนมาตั้งในแห่งใหม่ โดยได้รับการสนับสนุนวัสดุและงบประมาณส่วนใหญ่ จากวัดบ้านบ่อแก้วและชุมชน สร้างเป็นอาคารชั่วคราวขึ้นมาหนึ่งหลัง
พ.ศ. 2538 ได้รับการประกาศจัดตั้งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำตำบลพานทอง ในวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2538 มีนางวารีย์ คงไทย รักษาการในตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนบ่อแก้ววิทยา และได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเป็นครูใหญ่ และอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ่อแก้ววิทยา ตามลำดับ
พ.ศ. 2541 นางวารีย์ คงไทย อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ่อแก้ววิทยา ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ่อแก้ววิทยา
พ.ศ. 2544 (ภาคเรียนที่ 2) นายสมบัติ ตันเจริญ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านสวนวิทยา ได้รับการแต่งตั้งให้รักษาการณ์ในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ่อแก้ววิทยา
พ.ศ. 2545 นายสมบัติ ตันเจริญ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน
บ่อแก้ววิทยา
พ.ศ. 2547 (ภาคเรียนที่ 2) นายรัศมี ภู่ทอง ผู้อำนวยการโรงเรียนคณฑีพิทยาคม ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ่อแก้ววิทยา
พ.ศ. 2554 ( ภาคเรียนที่ 2 ) นายถวิล บุญอินทร์ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านอาชานุสรณ์ ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ่อแก้ววิทยา
พ.ศ. 2561 (ภาคเรียนที่ 1 ) นายปุณณวิช แก้วปัน ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองจอก ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ่อแก้ววิทยาจนถึง พ.ศ. 2563 (ภาคเรียนที่ 1)
พ.ศ. 2563 (ภาคเรียนที่ 1 ) นายชิตพล เพชรวารี รองผู้อำนวยการโรงเรียนวัชรวิทยา ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ่อแก้ววิทยาจนถึงปัจจุบัน